Sudah satu bulan sejak para pemain terjebak di permainan. Hampir 2000 orang telah tewas dan lantai pertama belum dibersihkan.
Setelah melakukan penyelidikan, Kirito menemukan bagaimana pemain bisa mati di zona aman dan sekarang ia harus mencari tahu alasannya. Sayangnya, bahaya sudah di depan mata.
Sword Art Online, game virtual reality telah dirilis. Para pemain mengendalikan avatar dengan tubuh mereka. Suatu hari si pembuat menahan pemain sehingga tidak dapat keluar dari game sebelum mengalahkan bos terakhir. Jika mereka mati dalam game, mereka juga akan mati di kehidupan nyata
Saat Kirito mengetahui tentang permainan dan kebencian antar ras dari Leafa, Asuna mengetahui kebenaran tentang perannya dari Raja Peri.
MMO baru memungkinkan pengguna untuk terbang dan mendorong pemain untuk membunuh. Kirito bergabung dalam permainan baru ini untuk mencari Asuna dan sangat terkejut dengan apa yang ditemukannya.