Alasan di balik pemisahan Kelas E terungkap. Nagisa melacak titik lemah Koro Sensei dengan harapan dapat menggunakannya untuk mengalahkannya.
Guru Irina, Lovro, muncul dan melihat betapa ramah dan akrabnya dia dengan Kelas E. Karena itu, Lovro menyuruhnya pergi dan Irina dihadapkan pada pilihan untuk tetap bersama Kelas E atau pergi.
Para siswa menghadapi satu pembunuh terakhir sebelum bertemu dengan sosok bayangan yang menyandera obat virus sebagai ganti Koro Sensei.
Kelas E berlatih keras di bawah pengawasan seorang pembunuh profesional untuk mempersiapkan diri menghadapi pembunuhan di pulau itu. Sesampainya di sana, mereka harus memastikan semuanya berjalan lancar.
Karma Akabane yang cerdas dan suka berperang, mantan teman sekelas Nagisa, bergabung dengan 3-E dan langsung terjun ke misi pembunuhan dengan kedua kakinya.