Makhluk yang menghancurkan bulan menjadi bulan sabit muncul di SMP Kunugigaoka dan dia memberi para siswa waktu satu tahun untuk membunuhnya!
Para siswa melakukan perjalanan sekolah ke Kyoto, di mana mereka harus tetap mengingat pembunuhan sebagai hal terpenting dalam pikiran mereka. Kanzaki menghadapi masalah dari masa lalunya.
Upaya pembunuhan musim panas itu diikuti oleh krisis yang memengaruhi hampir setengah dari Kelas E. Bisakah sisanya berpikir dan bergerak cukup cepat untuk menyelamatkan mereka?
Kelas E berlatih keras di bawah pengawasan seorang pembunuh profesional untuk mempersiapkan diri menghadapi pembunuhan di pulau itu. Sesampainya di sana, mereka harus memastikan semuanya berjalan lancar.
Kelas E harus mempraktikkan pelajaran mereka saat mereka menghadapi hotel menakutkan yang penuh dengan orang jahat - dan semuanya itu tanpa bantuan Koro Sensei.