Upaya pembunuhan musim panas itu diikuti oleh krisis yang memengaruhi hampir setengah dari Kelas E. Bisakah sisanya berpikir dan bergerak cukup cepat untuk menyelamatkan mereka?
Kelas E memberi penembak jitu profesional banyak kesempatan untuk mengalahkan Koro Sensei, lalu mencoba memanfaatkan sisa perjalanan sekolah mereka ke Kyoto.
Kelas E berlatih keras di bawah pengawasan seorang pembunuh profesional untuk mempersiapkan diri menghadapi pembunuhan di pulau itu. Sesampainya di sana, mereka harus memastikan semuanya berjalan lancar.
Guru Irina, Lovro, muncul dan melihat betapa ramah dan akrabnya dia dengan Kelas E. Karena itu, Lovro menyuruhnya pergi dan Irina dihadapkan pada pilihan untuk tetap bersama Kelas E atau pergi.
Para siswa melakukan perjalanan sekolah ke Kyoto, di mana mereka harus tetap mengingat pembunuhan sebagai hal terpenting dalam pikiran mereka. Kanzaki menghadapi masalah dari masa lalunya.