Guru Irina, Lovro, muncul dan melihat betapa ramah dan akrabnya dia dengan Kelas E. Karena itu, Lovro menyuruhnya pergi dan Irina dihadapkan pada pilihan untuk tetap bersama Kelas E atau pergi.
Para siswa menghadapi satu pembunuh terakhir sebelum bertemu dengan sosok bayangan yang menyandera obat virus sebagai ganti Koro Sensei.
Para siswa melakukan perjalanan sekolah ke Kyoto, di mana mereka harus tetap mengingat pembunuhan sebagai hal terpenting dalam pikiran mereka. Kanzaki menghadapi masalah dari masa lalunya.
Upaya pembunuhan musim panas itu diikuti oleh krisis yang memengaruhi hampir setengah dari Kelas E. Bisakah sisanya berpikir dan bergerak cukup cepat untuk menyelamatkan mereka?
Sebelum upacara sekolah yang menyiksa dimulai, Okuda mencoba meracuni Koro Sensei dengan cara yang tak terduga... dengan hasil yang tak terduga.