Kelas E berlatih keras di bawah pengawasan seorang pembunuh profesional untuk mempersiapkan diri menghadapi pembunuhan di pulau itu. Sesampainya di sana, mereka harus memastikan semuanya berjalan lancar.
Kelas E memberi penembak jitu profesional banyak kesempatan untuk mengalahkan Koro Sensei, lalu mencoba memanfaatkan sisa perjalanan sekolah mereka ke Kyoto.
Upaya pembunuhan musim panas itu diikuti oleh krisis yang memengaruhi hampir setengah dari Kelas E. Bisakah sisanya berpikir dan bergerak cukup cepat untuk menyelamatkan mereka?
Untuk final, Koro Sensei memberi kelasnya tujuan baru--dengan hadiah yang tak tertahankan. Kelas E membuat kesepakatannya sendiri dengan Lima Besar Kelas A tingkat atas.
Makhluk yang menghancurkan bulan menjadi bulan sabit muncul di SMP Kunugigaoka dan dia memberi para siswa waktu satu tahun untuk membunuhnya!