Upaya pembunuhan musim panas itu diikuti oleh krisis yang memengaruhi hampir setengah dari Kelas E. Bisakah sisanya berpikir dan bergerak cukup cepat untuk menyelamatkan mereka?
Koro Sensei mengungkap kelemahan utamanya, dan Terasaka mengganggu hari musim panas yang menyenangkan dengan upaya pembunuhan yang agak kelewat batas.
Para siswa melakukan perjalanan sekolah ke Kyoto, di mana mereka harus tetap mengingat pembunuhan sebagai hal terpenting dalam pikiran mereka. Kanzaki menghadapi masalah dari masa lalunya.
Setelah dua hari ujian, hasilnya pun sudah keluar. Baik jagoan Kelas A maupun jagoan Kelas E harus menerima hasilnya--dan begitu pula dengan Koro Sensei.
Para siswa menghadapi satu pembunuh terakhir sebelum bertemu dengan sosok bayangan yang menyandera obat virus sebagai ganti Koro Sensei.