Atas saran Yukio, Rin mulai memasak di dapur asrama dan menyiapkan makan siang pada malam sebelumnya. Namun, di pagi hari, semua makanan telah habis!
Setelah insiden serangan biara, Mephisto diberhentikan dari jabatannya sebagai direktur. Penasihat Tertinggi Ordo, Grigori, juga digulingkan, membuka jalan bagi Ernst untuk menjadi Paus.
Biara Salib Selatan, tempat Rin dan Yukio dibesarkan, diserang oleh penyerang misterius. Penyerang bertopeng itu melarikan diri sambil meninggalkan kata-kata samar: "Aku tidak akan pernah memaafkan siapa pun yang berhubungan dengan Setan."
Bersumpah untuk menjadi pengusir setan, Rin dibawa ke True Cross Academy oleh Mephisto yang misterius, seorang teman mendiang ayah mereka.
Ketika seorang Familiar Knights of the True Cross mengamuk, Yukio pun ditugaskan untuk menghadapi krisis tersebut.