Rin, Shima, dan Izumo bertemu seorang anak laki-laki bernama Yohei dan mengetahui tentang "Iblis Laut Dalam" yang telah membunuh ayahnya.
Ketika seorang Familiar Knights of the True Cross mengamuk, Yukio pun ditugaskan untuk menghadapi krisis tersebut.
Atas saran Yukio, Rin mulai memasak di dapur asrama dan menyiapkan makan siang pada malam sebelumnya. Namun, di pagi hari, semua makanan telah habis!
Setelah insiden serangan biara, Mephisto diberhentikan dari jabatannya sebagai direktur. Penasihat Tertinggi Ordo, Grigori, juga digulingkan, membuka jalan bagi Ernst untuk menjadi Paus.
Bertarung bersama untuk pertama kali, Rin dan yang lainnya menghadapi serangan mengerikan. Tiba-tiba, Mephisto dan guru-guru sekolah persiapan sudah ada di hadapan mereka!