Ketika Yukio menangani sebuah kasus, Rin ikut bersamanya ke Toko Perlengkapan Pengusiran Setan. Di sana, ia bertemu Shiemi, seorang gadis dengan kaki yang sakit, yang sedang merawat kebunnya.
Rin Okumura mulai khawatir tentang masa depannya saat saudara kembarnya, Yukio, mulai bersekolah di True Cross Academy yang bergengsi.
Setelah insiden serangan biara, Mephisto diberhentikan dari jabatannya sebagai direktur. Penasihat Tertinggi Ordo, Grigori, juga digulingkan, membuka jalan bagi Ernst untuk menjadi Paus.
Hancur karena kegagalannya menyelamatkan sahabatnya, Izumo menyerang Suguro! Pertengkaran mereka meningkat hingga seluruh kelas dikirim ke ruang hukuman.
Biara Salib Selatan, tempat Rin dan Yukio dibesarkan, diserang oleh penyerang misterius. Penyerang bertopeng itu melarikan diri sambil meninggalkan kata-kata samar: "Aku tidak akan pernah memaafkan siapa pun yang berhubungan dengan Setan."