Ketika Yukio menangani sebuah kasus, Rin ikut bersamanya ke Toko Perlengkapan Pengusiran Setan. Di sana, ia bertemu Shiemi, seorang gadis dengan kaki yang sakit, yang sedang merawat kebunnya.
Bertarung bersama untuk pertama kali, Rin dan yang lainnya menghadapi serangan mengerikan. Tiba-tiba, Mephisto dan guru-guru sekolah persiapan sudah ada di hadapan mereka!
Rin, Shima, dan Izumo bertemu seorang anak laki-laki bernama Yohei dan mengetahui tentang "Iblis Laut Dalam" yang telah membunuh ayahnya.
Gerombolan iblis keluar dari Gerbang Gehenna! Dan para penyusup dari "Dunia Kosong" ini sekarang menyerang orang-orang di Kota Akademi True Cross tanpa pandang bulu! Sementara itu, di atap gedung sekolah, Rin telah diselamatkan oleh Suguro dan Shiemi dan mulai sadar. Yang dilihat Rin saat dia terbangun adalah...
Setelah insiden serangan biara, Mephisto diberhentikan dari jabatannya sebagai direktur. Penasihat Tertinggi Ordo, Grigori, juga digulingkan, membuka jalan bagi Ernst untuk menjadi Paus.