Biara Salib Selatan, tempat Rin dan Yukio dibesarkan, diserang oleh penyerang misterius. Penyerang bertopeng itu melarikan diri sambil meninggalkan kata-kata samar: "Aku tidak akan pernah memaafkan siapa pun yang berhubungan dengan Setan."
Bersumpah untuk menjadi pengusir setan, Rin dibawa ke True Cross Academy oleh Mephisto yang misterius, seorang teman mendiang ayah mereka.
Gerombolan iblis keluar dari Gerbang Gehenna! Dan para penyusup dari "Dunia Kosong" ini sekarang menyerang orang-orang di Kota Akademi True Cross tanpa pandang bulu! Sementara itu, di atap gedung sekolah, Rin telah diselamatkan oleh Suguro dan Shiemi dan mulai sadar. Yang dilihat Rin saat dia terbangun adalah...
Rin akhirnya tahu bahwa Shura pernah menjadi murid Shiro - dan bahwa Shura telah menargetkannya untuk dieliminasi.
Dikonsumsi oleh kekuatan api selama pertarungannya dengan Amaimon, Rin menjadi gila. Ia mendapatkan kembali kendali atas dirinya sendiri setelah kekuatannya habis, tetapi kemudian ditangkap oleh Paladin saat ini, Angel.